חלבון_נט

• תיאור:

ProteinNet היא מערך נתונים סטנדרטי ללימוד מכונה של מבנה החלבון. הוא מספק רצפי חלבון, מבנים (משניים ושלישי), יישור רצפים מרובים (MSA), מטריצות ניקוד ספציפיות למיקום (PSSM) ופיצול אימון / אימות / מבחן סטנדרטי. ProteinNet בונה על הערכות ה- CASP הדו -שנתיות, המבצעות תחזיות עיוורות של מבני חלבון שנפתרו אך לא זמינים לציבור, כדי לספק מערכי בדיקה הדוחפים את גבולות המתודולוגיה החישובית. הוא מאורגן כסדרה של מערכי נתונים, המשתרעים על CASP 7 עד 12 (המכסים תקופה של עשר שנים), כדי לספק מגוון גדלי מערכי נתונים המאפשרים הערכה של שיטות חדשות במשטרים דלים יחסית ועשירים בנתונים.

• דף הבית: https://github.com/aqlaboratory/proteinnet

• קוד מקור: tfds.structured.proteinnet.ProteinNet

• גרסאות:

  • 1.0.0 (ברירת המחדל): מהדורה ראשונית.

• Auto-במטמון ( תיעוד ): אין

• מאפיינים:

FeaturesDict({
    'evolutionary': Tensor(shape=(None, 21), dtype=tf.float32),
    'id': Text(shape=(), dtype=tf.string),
    'length': tf.int32,
    'mask': Tensor(shape=(None,), dtype=tf.bool),
    'primary': Sequence(ClassLabel(shape=(), dtype=tf.int64, num_classes=20)),
    'tertiary': Tensor(shape=(None, 3), dtype=tf.float32),
})

• מפתחות השגחה (ראה as_supervised doc ): ('primary', 'tertiary')

• איור ( tfds.show_examples ): לא נתמך.

• ציטוט:

@article{ProteinNet19,
title = { {ProteinNet}: a standardized data set for machine learning of protein structure},
author = {AlQuraishi, Mohammed},
journal = {BMC bioinformatics},
volume = {20},
number = {1},
pages = {1--10},
year = {2019},
publisher = {BioMed Central}
}

protein_net/casp7 (תצורת ברירת מחדל)

• גודל ההורדה: 3.18 GiB

• גודל בסיס הנתונים: 2.53 GiB

• פיצולים:

• דוגמאות ( tfds.as_dataframe ):

protein_net/casp8

• גודל ההורדה: 4.96 GiB

• גודל בסיס הנתונים: 3.55 GiB

• פיצולים:

• דוגמאות ( tfds.as_dataframe ):

protein_net/casp9

• גודל ההורדה: 6.65 GiB

• גודל בסיס הנתונים: 4.54 GiB

• פיצולים:

• דוגמאות ( tfds.as_dataframe ):

protein_net/casp10

• גודל ההורדה: 8.65 GiB

• גודל בסיס הנתונים: 5.57 GiB

• פיצולים:

• דוגמאות ( tfds.as_dataframe ):

protein_net/casp11

• גודל ההורדה: 10.81 GiB

• גודל בסיס הנתונים: 6.72 GiB

• פיצולים:

• דוגמאות ( tfds.as_dataframe ):

protein_net/casp12

• גודל ההורדה: 13.18 GiB

• גודל בסיס הנתונים: 8.05 GiB

• פיצולים:

• דוגמאות ( tfds.as_dataframe ):