חלבון_נט

  • תיאור:

ProteinNet היא מערך נתונים סטנדרטי ללימוד מכונה של מבנה החלבון. הוא מספק רצפי חלבון, מבנים (משניים ושלישי), יישור רצפים מרובים (MSA), מטריצות ניקוד ספציפיות למיקום (PSSM) ופיצול אימון / אימות / מבחן סטנדרטי. ProteinNet בונה על הערכות ה- CASP הדו -שנתיות, המבצעות תחזיות עיוורות של מבני חלבון שנפתרו אך לא זמינים לציבור, כדי לספק מערכי בדיקה הדוחפים את גבולות המתודולוגיה החישובית. הוא מאורגן כסדרה של מערכי נתונים, המשתרעים על CASP 7 עד 12 (המכסים תקופה של עשר שנים), כדי לספק מגוון גדלי מערכי נתונים המאפשרים הערכה של שיטות חדשות במשטרים דלים יחסית ועשירים בנתונים.

FeaturesDict({
    'evolutionary': Tensor(shape=(None, 21), dtype=tf.float32),
    'id': Text(shape=(), dtype=tf.string),
    'length': tf.int32,
    'mask': Tensor(shape=(None,), dtype=tf.bool),
    'primary': Sequence(ClassLabel(shape=(), dtype=tf.int64, num_classes=20)),
    'tertiary': Tensor(shape=(None, 3), dtype=tf.float32),
})
@article{ProteinNet19,
title = { {ProteinNet}: a standardized data set for machine learning of protein structure},
author = {AlQuraishi, Mohammed},
journal = {BMC bioinformatics},
volume = {20},
number = {1},
pages = {1--10},
year = {2019},
publisher = {BioMed Central}
}

protein_net/casp7 (תצורת ברירת מחדל)

  • גודל ההורדה: 3.18 GiB

  • גודל בסיס הנתונים: 2.53 GiB

  • פיצולים:

לְפַצֵל דוגמאות
'test' 93
'train_100' 34,557
'train_30' 10,333
'train_50' 13,024
'train_70' 15,207
'train_90' 17,611
'train_95' 17,938
'validation' 224

protein_net/casp8

  • גודל ההורדה: 4.96 GiB

  • גודל בסיס הנתונים: 3.55 GiB

  • פיצולים:

לְפַצֵל דוגמאות
'test' 120
'train_100' 48,087
'train_30' 13,881
'train_50' 17,970
'train_70' 21,191
'train_90' 24,556
'train_95' 25,035
'validation' 224

protein_net/casp9

  • גודל ההורדה: 6.65 GiB

  • גודל בסיס הנתונים: 4.54 GiB

  • פיצולים:

לְפַצֵל דוגמאות
'test' 116
'train_100' 60,350
'train_30' 16,973
'train_50' 22,172
'train_70' 26,263
'train_90' 30,513
'train_95' 31,128
'validation' 224

protein_net/casp10

  • גודל ההורדה: 8.65 GiB

  • גודל בסיס הנתונים: 5.57 GiB

  • פיצולים:

לְפַצֵל דוגמאות
'test' 95
'train_100' 73,116
'train_30' 19,495
'train_50' 25,897
'train_70' 31,001
'train_90' 36,258
'train_95' 37,033
'validation' 224

protein_net/casp11

  • גודל ההורדה: 10.81 GiB

  • גודל בסיס הנתונים: 6.72 GiB

  • פיצולים:

לְפַצֵל דוגמאות
'test' 81
'train_100' 87,573
'train_30' 22,344
'train_50' 29,936
'train_70' 36,005
'train_90' 42,507
'train_95' 43,544
'validation' 224

protein_net/casp12

  • גודל ההורדה: 13.18 GiB

  • גודל בסיס הנתונים: 8.05 GiB

  • פיצולים:

לְפַצֵל דוגמאות
'test' 40
'train_100' 104,059
'train_30' 25,299
'train_50' 34,039
'train_70' 41,522
'train_90' 49,600
'train_95' 50,914
'validation' 224